По поручению правительства СССР в 1954 году Конструкторское Бюро №1 в рамках программы обеспечения безопасности воздушного пространства страны, приступило к разработке радиолокационной станции РЛС Днестр. В задачу РЛС входило обнаружение головных частей баллистических ракет при прохождении активного участка территории.
Параллельно с этим в Радиотехнической лаборатории Академии Наук СССР проводились работы по созданию альтернативных вариантов технической составляющей системы противоракетной обороны. По результатам проведения совместных испытаний было принято решение в качестве основы для создания РЛС нового типа использовать станцию «ЦСО-П», которая работала в метровом диапазоне.
На то время создание станций дальнего обнаружения было делом совершенно новым. По праву его можно назвать прорывом в развитии систем радиолокации: если ранее РЛС занимались обнаружением самолетов на расстояниях, исчисляемых сотнями километров, то теперь они должны были научиться "видеть" головные части ракет, находящиеся за тысячу километров и по своим размерам намного уступающие самолетам. К тому же скорость перемещения ракет в сотни разы превышает скорость самолетов, что намного усложняло задачу.
В ходе испытаний выяснилось, что метровый диапазон, выбранный для обеспечения дальности действия РЛС, оказался удачным. В 1967 году первая станция была успешно опробована в работе и принята на вооружение.
Станция представляла собой двухэтажное здание, на котором располагались две антенны, каждая с сектором сканирования в 30 градусов. Ориентация секторов обзора производилась в одном направлении, а углы места создавали вертикальный веерный барьер. Управление станцией осуществлялось при помощи ЭВМ М-2, работающей на полупроводниковой элементной базе, что в те времена было новинкой.
В 1967-1968 годах был развернут комплекс, состоявший из двух командно-вычислительных центров, под чьим управлением находились 8 сдвоенных станций «Днестр». Комплекс создал радиолокационный барьер в 5 000 км и мог обнаруживать космические аппараты на высоте до 3 000 км. Но работы по усовершенствованию станции не прекращались, в частности была увеличена длительность зондирующего сигнала, что увеличило дальность действия; повышена разрешающая способность и точность в измерении дальности; был применен новый метод пеленгации по азимуту; также была усовершенствована программа управления ЭВМ. Впоследствии эти и другие усовершенствования легли в основу новой модификации РЛС «Днестр» - станции РЛС «Днепр».